기어비가 높은게 아닐까요.
아니면 안장이 낮거나, 무릎으로 검색 해보시면 여러 답변이 나옵니다

저도 님이랑 똑같은 통증이 있었는데요 클릿을 좀더 발바닥쪽으로 내리니 통증이
완전히 사라지더군요 한번해보세요 클릿이 너무 앞쪽으로 고정이 되어있지 않나 살펴보세요

클릿신발 신으신 상태에서 세팅을 해보세요...안장높이, 안장각도, 안장레일의 위치 등등....안장만으로도 효과가 있을 듯 합니다. 제 경우도 마찬가지였구요...
안장 높이는 양발이 뒷꿈치로 페달을 발고 한쪽 발을 최대한 무릎이 완전히 펴지도록 안장 높이를 조정해 주세요..그러면 페달에 클릿을 끼우면 무릎이 약간 굽게 될 것입니다.
안장레일의 위치(앞뒤 조절)는 페달이 수평이 되었을 때 무릎 안 쪽의 슬개골(무릎 앞쪽에 약간 들어간 곳)이 페달의 중심과 일치하도록 조절 해야 합니다. 움푹들어간 곳에 추를 매달아 보시면 쉽게 알 수 있습니다..
안장의 각도는 수평상태로 해주는 것이 기본입니다...
아~! 클릿위치와 각도도 중요합니다..자신의 발에서 가장 힘이 받는 부분에 위치시키고 안쪽으로 약간 5도(?)정도 틀어주세요...
그리고 페달링시 무릎이 탑튜브를 스친다고 생각으로 해주시고요....
세팅도 초급중급고급이 있나요? 자신의 몸에 맞으면 최상급이 되지 않을까요? 자신에게 맞게....